膜技术用于饮用水消毒有诸多优点：（1）出水水质好且稳定；（2）处理过程中很少投加化学物质；（3）运转和保养费用较低；（4）设计成小规模系统的可行性较高；（5）可去除多种物质；（6）可解决源水质量多变的问题；（7）对于比膜孔径大的粒子去除效率与流速和压差无关；（8）集结在膜表面的大颗粒形成深度过滤器可截留粒径比膜孔径小的颗粒。
但另一方面，也有其致命的缺点：
（1）利用膜技术消毒的主要问题是微生物的后生长。
（2）膜对胶体、病毒等微小颗粒的截留作用并不十分彻底，对溶液组分和操作条件有很强的依赖，处理结果不易预测。
（3）实际应用中，膜孔堵塞问题较为严重。膜孔堵塞是指过滤的物质在膜上沉积，使通量降低，从而影响其截留作用的现象。
用膜直接去除水中的微生物时反渗透装置，阻塞问题尤为突出，使膜技术在水处理中的应用受到严重限制.膜孔堵塞后会影响以下几方面：
一是工作效率降低，膜的使用寿命缩短，操作压力升高，清洗频率增大；
二是堵塞会降低有效膜孔的密度，使过滤速度和通量降低。
虽然膜技术存在缺陷，但它在水消毒中的显著作用不容置疑。总之，经过努力，所有问题都将会得到解决，使膜技术在水消水处理纯水设备毒处理中发挥更大的作用。