厌氧处理的恢复和启动是工艺运行的关键，处理不当将花费很长时间，有时甚至长达一年以上。启动时应注意以下因素：（1）水质：组成和浓度；（2）操作：负荷率、停留时间、混合条件；（3）接种污泥：来源、活性；（4）环境条件：温度、pH；（5）营养物：N、P及微量元素等。恢复启动厌氧系统的方法有两种。
利用原有系统启动和恢复。由于有机负荷波动导致厌氧失效时，宜采用利用原有系统启动和恢复的方式。因为此时的微生物群仍存在，只是有机负荷过高引起挥发酸的积累，形成酸化现象，此时只要着重于控制好进水负荷和调节厌氧池体内的pH值，满足培菌的基本条件即可（尤其是产甲烷菌生长的条件）。
重新培菌的启动和恢复。如果系统受到毒害物质的污染，引起微生物中毒，则要进行重新培菌来启动和恢复厌氧系统。
厌氧失效的处理和预防措施：
（1）有机负荷的冲击，会使厌氧处理效果变差，征兆是厌氧出水pH小于615，厌氧出水COD浓度偏高，此时应果断地减少进水，甚至停止进水，调节厌氧水体pH值至710左右，以尽快恢复厌氧功能。
（2）为避免有机负荷的冲击，对厌工业纯水设备氧池进水浓度和水量的波动应进行严格控制，波动范围在班与班之间以不超过15%为宜，并且不能持续增加。
（3）为更反渗透纯化水设备好地控制好产甲烷菌的生长环境，提高厌氧总体去除率，建议将现有厌氧处理的前三个阶段提前到中和池前进行，即：在匀质池中投加污泥，进行缺氧的水解和酸化，然后在中和池调pH值，再进入厌氧池，变成两相厌氧消化，这样对整个厌氧处理的抗冲击能力和产甲烷能力以及提高厌氧处理能力将起决定性作用。