MBR膜元件的故障一般有：曝气异常、膜间压差上升以及透过水流量减少、透过水质恶化。以下所示为针对各种情况而产生的问题、原因和处理方法。
曝气空气达不到标准量
鼓风机故障
检查鼓风机
曝气管堵塞
清洗曝气管
膜组件内或膜组件间曝气状态不稳定
该膜组件的曝气管堵塞
清洗该膜组件的曝气管
透过水量减少或膜间压差上升
有膜堵塞
进行药洗
曝气异常导致对膜面没有良好地冲洗
改善曝气状态
污泥形状异常导致污泥过滤性能恶化
改善污泥性状
调整污泥排放量
阻止异常成分的流入（油分等）
BOD负荷的调整
原水的调整
（添加氮、磷等）
透过水的悬浊成分增多
膜元件或软管损坏
封住*1该膜元件或集水管的导流管
透过水的配管管线泄漏
调查*2、修复不良部分
透过侧生长有细菌
对透过水管路进行有效氯浓度为100～200mg/L的次氯酸钠的注入清洗